يرأسه حالياً سماحة الشيخ محسن آراكي وقد ترأسه فيما مضى آية الله الشيخ محمد علي التسخيري عضو هيئة أمناء الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، المذاهب المعترف بها من قبل المجمع هي المذهب الحنفي والشافعي والمالكي والحنبلي من أهل السنة والمذهب الاثنى عشري والزيدي من الشيعة.

يقيم هذا المجمع سنوياً المؤتمر الدولي للوحدة الإسلامية في العاصمة طهران أيام ذكرى المولد النبوي أو مايسمى بأسبوع الوحدة الإسلامية بحضور ومشاركة علماء ومفكرين وشخصيات إسلامية بارزة.